Fen Bilimleri Enstitüsü 1993 yılında hizmete başlamıştır. Halen 18 yüksek lisans programı ve 9 doktora programını 29 profesör, 60 doçent ve 89 yardımcı doçent olmak üzere toplam 171 öğretim üyesi ile sürdürmektedir. Bilgisayar Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Müh. Endüstri Mühendisliği Gıda Mühendisliği İnşaat Mühendisliği Jeoloji Mühendisliği Kimya Mühendisliği Makine Mühendisliği Tekstil Mühendisliği Biyoloji Fizik Kimya Matematik Makine Eğitimi alanlarında yüksek lisans programı ve Elektrik-Elektronik Müh. Gıda Mühendisliği İnşaat Mühendisliği Makine Mühendisliği Jeoloji Mühendisliği Biyoloji Fizik Kimya Matematik programlarında ise doktora programları mevcuttur.

Fen Bilimleri Enstitüsünün amaçları aşağıda sıralanmıştır: - Üniversitenin mühendislik, fen ve matematik ile ilgili alanlarında lisansüstü eğitim-öğretimi (yüksek lisans, doktora) yürütmek - Üniversiteler için öğretim elemanı yetiştirmek, - Lisansüstü düzeyde araştırma-geliştirme çalışmaları yapmak - Üniversite sanayi işbirliğini güçlendirmek - Toplumun bilimsel ve teknolojik konulara olan ilgisini yükseltmek