PAÜ İnşaat Mühendisliği Bölümü’nde 1994’den beri lisans eğitimi yanında Fen Bilimleri Enstitüsü altında İnşaat Mühendisliği Ana Bilim dalı olarak Yapı, Hidrolik, Ulaştırma ve Geoteknik bilim dallarında Yüksek lisans ve Doktora eğitimi de verilmektedir. Bu lisansüstü programların öğretim dili Türkçedir.

İnşaat Mühendisliği Bölümü Ana Bilim Dalının amacı; inşaat mühendisliğinin belirli bir alanında belirli bir bilgi derinliği olan uzman, diğer mühendislik ve temel bilim disiplinleri dahil olmak üzere inşaat mühendisliği ile ilgili alanlarda aktif bir bilgiye sahip, bir araştırma konusunu önerebilme yeteneği olan, bir araştırma konusunu yürütme ve özgün araştırma sonuçları üretme ve analiz etme becerileri olan, sözlü sunumlar ve yazılı yayınları aracılığıyla etkin bir biçimde iletişim kurabilen, Yüksek Mühendisler yetiştirmektir.