Fen Bilimleri Enstitüsü 1993 yılında hizmete başlamıştır. Halen 18 yüksek lisans programı ve 9 doktora programını 29 profesör, 60 doçent ve 89 yardımcı doçent olmak üzere toplam 171 öğretim üyesi ile sürdürmektedir. Bilgisayar Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Müh. Endüstri Mühendisliği Gıda Mühendisliği İnşaat Mühendisliği, Mimarlık, Peyzaj Mimarlığı, Şehir ve Bölge Planlama, Jeoloji Mühendisliği Kimya Mühendisliği Makine Mühendisliği Tekstil Mühendisliği Biyoloji Fizik Kimya Matematik Makine Eğitimi alanlarında yüksek lisans programı ve Elektrik-Elektronik Müh. Gıda Mühendisliği İnşaat Mühendisliği Makine Mühendisliği Jeoloji Mühendisliği Biyoloji Fizik Kimya Matematik programlarında ise doktora programları mevcuttur.

Fen Bilimleri Enstitüsünün amaçları aşağıda sıralanmıştır: - Üniversitenin mühendislik, fen ve matematik ile ilgili alanlarında lisansüstü eğitim-öğretimi (yüksek lisans, doktora) yürütmek - Üniversiteler için öğretim elemanı yetiştirmek, - Lisansüstü düzeyde araştırma-geliştirme çalışmaları yapmak - Üniversite sanayi işbirliğini güçlendirmek - Toplumun bilimsel ve teknolojik konulara olan ilgisini yükseltmek