Mühendislik Fakültesi 1976–1977 Akademik yılında Denizli Mimarlık ve Mühendislik Akademisi adıyla Milli Eğitim Bakanlığı Halk Eğitim Müdürlüğü binasında Makine ve İnşaat Mühendisliği Bölümleriyle eğitim ve öğretime başlamıştır. 1979 yılında ise Çamlık’ta bulunan Özel Çamlık Koleji´nin bulunduğu binaya taşınmıştır. 1982 yılında Dokuz Eylül Üniversitesi´nin (DEÜ) kurulmasıyla bu üniversiteye bağlı olarak Denizli Mühendislik Fakültesi adını alarak eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmiştir. 1990 yılından itibaren Çamlık Yerleşkesinde Dekanlık ve Makine Mühendisliği Bölümü, Kınıklı Yerleşkesinde ise İnşaat Mühendisliği Bölümü eğitim ve öğretim hizmetlerine devam etmiştir. DEÜ Denizli Mühendislik Fakültesi 1992 yılında Pamukkale Üniversitesi´nin kurulması ile Pamukkale Üniversitesi Mühendislik Fakültesi ismi ile eğitim ve öğretim faaliyetlerine devam etmiştir. Kuruluşunda Makine ve İnşaat Mühendisliği bölümleriyle eğitim ve öğretim faaliyetini sürdüren Fakülte, 1994–1995 eğitim ve öğretim yılında Jeoloji Mühendisliği Bölümüne, 1995–1996 eğitim öğretim yılında Gıda, Elektrik-Elektronik ve Tekstil Mühendisliği Bölümlerine, 2003–2004 eğitim ve öğretim yılında Bilgisayar Mühendisliği Bölümüne, 2004–2005 Akademik yılında Endüstri Mühendisliği Bölümüne, 2008–2009 Akademik yılında ise Çevre Mühendisliği Bölümüne lisans öğrencisi alarak eğitim ve öğretim hizmeti vermeye devam etmiştir. Mühendislik Fakültesinde Makine, İnşaat, Elektrik-Elektronik ve Gıda Mühendisliği bölümlerinde İkinci Öğretim de yapılmaktadır. Aktif olan tüm bölümlerde Yüksek Lisans eğitimi, Makine, İnşaat, Jeoloji, Gıda ve Elektrik Elektronik Mühendisliği bölümlerinde ise Doktora programları mevcuttur. Mühendislik Fakültesi Kınıklı Yerleşkesinde bulunan yeni binasına ise 2006–2007 Akademik yılında taşınmış olup, İnşaat ve Jeoloji Mühendisliği Bölümleri hariç tüm bölümler bu binada hizmet vermektedir. İnşaat ve Jeoloji Mühendisliği Bölümleri ise kendilerine ait, yine Kınıklı Yerleşkesinde bulunan, ayrı bir binada hizmet vermektedir. 2008–2009 Akademik yılında ise tüm bölümlere Zorunlu İngilizce Hazırlık Sınıfı getirilmiş ve Bölüm Müfredatları güncellenmiştir.

Mühendislik Fakültesinin eğitime yönelik temel hedefleri şunlardır: 1. Öğrencilere eğitim gördüğü mühendislik dalı ile ilgili konulardaki bilgilerini pratik olarak kullanabilmeleri veya lisansüstü eğitime devam etmeleri için gerekli teknik altyapıyı sağlamak. 2. Öğrencilerde analitik kavramları ve bilgi sistemlerini, karar verme, başarım değerlendirme konularında uzman bir şekilde kullanma yeteneği geliştirmek. 3. Öğrencilerimizi etkili iletişim kurmaları için yeteneklerini geliştirerek takım çalışmalarına hazırlamak. 4. Mühendislik hayatında gerekli olan profesyonel çalışma kuralları ve etik gerekliliklerini benimsetmek. 5. Hayat boyu eğitiminin gerekliliğini ve eğitime lisans eğitiminden sonra da devam edilmesini teşvik etmek. 6. Öğrencilerin seçtikleri meslek kariyerlerinde yöneticilik, liderlik ve girişimcilik yeteneklerini geliştirmelerinde rehber olmak.